高校には、「午後六時、誰もいない教室で出席を取る声が聞こえる」という怪談があった。 佐伯蓮は、幼馴染の紗季、親友の悠真、無口な理央、そして転校生の美月と五人で過ごすようになる。 しかし、学校で起こる奇妙な現象をきっかけに、五人は三年前の旧校舎で起きた事件を知る。 消えた生徒。 存在しないはずの写真。 六つ目の空席。 そして、なぜか自分たちの記憶に食い違いがあること。 調べるほど、怪異と五人の過去が繋がっていく。 そして蓮は気づく。 「俺たちは、本当に五人なのか？」 三年前に何が起きたのか。 「六人目」は誰なのか。 そして、蓮自身は何者なのか。 すべての謎が繋がったとき、五人は最後の「七番目の放課後」を迎える。