人類が急速なサイバネティック技術の発展により肉体的な寿命を克服してから数年、人類は脳の記憶容量に限界があることを発見してしまう。 その問題を克服するため、人類は記憶を管理、削除するシステム『ミーム』を開発する。 それから200年後の未来、人類は度重なるテロや戦争の果てに繁殖をやめ、不老不死を持て余し、停滞した生活を送っていた。 『人類最後の帰還兵』の1人である主人公は、あえて戦争に関する記憶を保持し続け、苦しみに喘ぐ日々を送っていた。 そんな中、とある少女との出会いをきっかけに、世界の根幹を揺るがす陰謀に巻き込まれていくことになる。