​巨大企業複合体《三柱》の管理下にある都市を舞台に、私立高校の生徒でありながら、治安維持機関の特務エージェント《チョコレート・リリィ》として裏の顔を持つ銀髪の少女・蝶野夜都。 　彼女の目的は、妹・妃柰子の身体を蝕む《リビドー・パトゲン》の侵蝕を防ぐ抑制剤を入手し、その日常を守り抜くことだった。 　​ある夜、夜都は、視界がARテロの暴虐で染め上げられる中、自身のクラスメイトでもある白鷺理音が都市を管理する中枢タワー《セントラル・ネクサス》へ向かっていることを知る。 　理音は、夜都と同じように、かつての極秘研究で生み出された《テオスシリーズ》の内の一人であり、家族を奪った宿敵への復讐のためにレジスタンスに加わっていた。 　​理音の計画を阻止しつつも、組織の処分から彼女を救い出すため、夜都は自身の隠れ家である喫茶店《フルール・ド・リス》へと連れ帰る。 　そこで夜都は、機関への報告を黙認する代償として、自分と夜をともにするという背徳的な条件を提示する。 　最初は拒絶していた理音だったが、夜都との激しく官能的な契りを経て、敵同士という立場でありながらも身体だけの関係に身を委ねていく。 　 　冷徹な任務の裏で妹を想う優しさと、抗えない快楽に溺れていく危うい絆を抱えながら、夜都は矛盾に満ちた夜の闇を歩み続ける。