二百年前、地球は未曾有の災害に見舞われ、人類は宇宙へと逃げ出した。宇宙から帰還した人類を待ち受けていたのは、怪物《モンスター》と呼ばれる異形の化け物たち。 保持能力《ホルダースキル》と呼ばれる超人的な力に目覚めた一部の人類は保持者《ホルダー》と呼ばれ、怪物の跋扈する地球を奪還するべく戦い続けていた。 小さい頃に両親を犯罪組織に殺され復讐のために生きる主人公、理崎想也。彼が仕事先の怪物犇めく絶海の孤島で出会ったのは、二百年前から無人島に独りで生き続けるという、不老不死を自称する女の子、現乃実咲。 孤島を脱出した二人は、理崎が高校に入学するまでの数週間を共に過ごすことになるが、現乃の不老不死を目的に謎の男たちが襲い掛かる。辛うじて撃退した理崎は、その男たちが数年前に両親を殺した犯罪組織のメンバーであることを知る。 果たして理崎は復讐を遂げることが出来るのか。