1999年7月。 　恐怖の大王は降りてこなかったが、厄災は確かにこの世界に降り立っていた。 　人智を超えた能力を持つ道具達ははやがて『神器』と呼ばれ、この世界のパワーバランスを担う存在となった。 　2019年。 　神器犯罪を専門に扱う神器管理局の捜査官・河本丞と新人の日野理都子は、メキシコと日本の犯罪組織が取引を行うという情報を入手する。取引現場で二人が見たのは、四肢が義手義足に置き換えられた一人の少女だった。この取引への介入を皮切りに、神器管理局は国内に潜み、国家転覆を目論む組織と対峙することになる。