十八歳の少年ケンは、村を襲った魔物との戦いをきっかけに、謎の黒い魔導機「冥界騎ゼロ」と出会う。 幼馴染カレンと、彼女に仕える九人の戦乙女。古代遺跡に残された「六つの門」。そして、王都の地下で暗躍する謎の組織――。 すべてが繋がり始めたとき、カレンを狙う九人の暗殺者が現れる。 さらに王都は、敵も味方も区別なく殲滅する「ハウンドドッグ」を送り込んだ。 激戦の中、暗殺者たちは初めて自らの意志で戦うことを選ぶ。 そして戦いの果て、カレンの中で「第五門」が目覚める。 ――彼女は一体、何者なのか。 そしてケンの中に眠る「第一門」とは何なのか。 六つの門が動き始めた今、世界の隠された真実が、少しずつ姿を現し始める。