夏休みが明け、帝国学院に二学期が訪れた。 最初の授業で生徒たちに突きつけられた課題は、 「国と家族。どちらか一方しか救えないとしたら、どちらを選ぶか」 家族を選ぶ者。国を選ぶ者。 そして――迷うことなく「凜人様」と答える者。 一見すれば普通の授業。しかし、生徒たちの答えも、夏休みの読書感想文も、そのすべてが学院を監視する龍雅院凜人と神・久遠に観察されていた。 神の器になることを自ら望む日向葵。 学院九不思議に隠された神からの言葉を読み取った白石繭。 人はなぜ信じるのかと問い続ける神崎蓮。 そして、それぞれの思想を育て始めた生徒たち。 神は誰を選び、誰を見捨てるのか。 ――そんな思惑など知らぬまま、生徒たちを待っていたのは夏休み明け最初の軍事訓練。 「今日は軽めで行くぞ」 その言葉を信じた彼らは、まだ知らない。 地獄は二学期初日から始まっている。