小4の並木拓真は、小3から2歳下の弟、柊太と一緒に登下校するようになってから、楽しかった学校がしっくりこなくなった。 　去年の小3だった夏休みに、小1だった弟、柊太との大けんかをきっかけに爆発した拓真は、弟との関係性や不満を両親と話すが、解決しないまま、小3は終わり。 　小4に進級した拓真は、周りを観察するようになり、小4の担任の先生とクラスメイトの雰囲気を見て、家族に向き合ってもらう荒療治を決行する。 　小4の拓真が学校を休み、両親と弟に、拓真が弟の面倒を見るのを当たり前としてきた家族の関係性を見直す期間を強制的にもうけてしまう作戦だ。 　長く早めの夏休みが始まり、小4の拓真が家で留守番を始めたころから、ベランダにプテラノドンが現れるようになる。 　ベランダに来るプテラノドンは喋らない。プテラノドンとベランダで過ごすうちに、拓真は突き詰めたい趣味と夢を思い描くようになる。拓真のあげた声は、担任の三矢先生をはじめとする周りの大人に届き、お父さんお母さん、弟の柊太、家族との関係性の再構築も進んでいく。 　プテラノドンと拓真がベランダにいたとき、強い風が吹き付ける。プテラノドンを安全なところへと行動する拓真の胸の内にプテラノドンとの友情を自覚。家族関係が原因でヒビが入った小学校の友達との距離感に傷ついてもいた拓真は、傷付いた気持ちを抱えたままプテラノドンと白亜紀へタイムスリップ。白亜紀の生態系の脅威を目撃する。 　タイムスリップから現代に戻ってきた拓真は、距離感を感じていた小学校の友達との付き合いに答えを見つける。