人口百億の限界を目前に、国連が極秘裏に進めていたのは、宇宙怪獣を利用した人口削減計画だった。未曾有の危機の中、硬派な高校生・瀬波修平は祖父に命じられてロボットに乗ることになる。だがその機体には、サイバー攻撃で消滅したはずの乙女ゲーム『きらめき魔法学院』の悪役令嬢・イザベラの人格が宿っていた。
「あなたには戦術を理解する知性が欠けているようですわね」と高慢なイザベラだったがインターネットと魔法を組み合わせた驚異の戦術で宇宙怪獣を撃退する。
これは、気高き悪役令嬢AIと不器用な少年が出会い、人類の裏に潜む巨大な陰謀へと挑む戦いの物語である。