【漢土の黄昏、そして東の海へ】 西暦263年、蜀漢の滅亡。五丈原で命を落としたはずの希代の軍師・諸葛孔明は、息子の諸葛瞻（瞻）、そしてかつて大陸を追われ東の海へ渡っていた義兄・劉備（劉東＝のちのスサノオ）の手引きにより、日本海を越えて未開の島国「日ノ本」へと漂着する。 【邪馬台国の危機と「死せる女王の計」】 当時の日ノ本は、女王・卑弥呼（アマテラス）が治める邪馬台国（高天原）と、南方の軍事国家・狗奴国が激しく対立する動乱の時代であった。 折しも卑弥呼が病に倒れ、国家存亡の危機に直面する中、孔明は高天原の知恵袋・オモイカネや医療の長・カミムスビと結託。 かつて五丈原で司馬懿を翻弄した「死せる孔明、生ける仲達を走らす」を再現するがごとく、「死せる女王の計（天岩戸隠れ）」を発動する。卑弥呼の死を秘匿して神殿へ隠し、敵を油断させると同時に、後継者である若き天孫・ニニギを立てて体制を立て直す。 【出雲の鉄と八陣要塞】 さらに孔明は、劉東とともに西の要衝「出雲」へ進出。荒神谷の砂鉄を用いた高純度の製鉄技術（玉鋼）を確立し、大陸式の軍規と蜀式連弩を導入する。 そして、日本海沿岸に築かれた異形の巨大墳墓『四隅突出型墳丘墓』を、孔明の代名詞である「八陣図」に基づく防衛要塞へと改修。押し寄せる異国の脅威と狗奴国の連合軍を迎え撃つ準備を完了させ、日ノ本の命運を賭けた大決戦（第2部）へと続いていく――。