撫子は、大鯰を撃滅して地震を未然に防ぐ仕事を持つ、巫女になりたての高校生だ。ある日、命よりも大事な撫子の薙刀が付喪神になった。撫子は彼をシロ助と名付け、一緒に暮らすことになる。神格の調査と管理をする神格鑑定士である天津が、撫子を訪ね、行方不明になった大鯰の捜索への協力を頼む。待ちに待った初仕事であるため、撫子は喜んで諾う。しかし、撫子を守りたいシロ助と、撫子に巫女として成長してほしい天津が喧嘩をした。 　天津がシロ助を邪神として収容する。撫子にはシロ助無しで大鯰退治をするように言う。しかし、それを受け入れることはできないため、撫子はシロ助を取り返すべく、友人である理乃と共に神格鑑定局に乗り込む。天津と取引をしてシロ助を引き取った。自分が協力しなければ撫子は大鯰退治を諦めるだろうと考え、シロ助は撃滅作戦をボイコットする。後日、撫子の家でもある神社に大鯰が出現した。撫子は要石を作り、理乃と二人でその撃滅に成功する。 　シロ助は撫子の実力を見て、彼女に協力するようになる。天津も撫子を褒めるが、二人に、撃滅した大鯰が鑑定局の追っていたものと別の個体だと伝えた。撫子は理乃に無駄な協力をさせてしまったと謝罪した。しかし、それがきっかけで仲違いをしてしまう。そうしているうちに、鑑定局が追っていた個体である大鯰が現れ、なす術もなく神社を震源に震度四の地震が発生した。撫子は自分の責務を果たすことができなかったと落ち込む。 　大鯰を放置するとより大きい地震が起きかねないため、撫子はシロ助に励まされて再び立ち上がった。二人は大鯰に戦いを挑んだが、撫子が大怪我を負い、シロ助に庇われながら撤退する。撫子は二人では勝てないと認め、理乃と仲直りをし、天津にも協力を頼んだ。その間にも、大鯰は神社に張られた結界を突破しようとしていた。四人は力を合わせて大鯰を追い込み、ついに撃滅する。撫子らの活躍で、街の安全は守られた。