冴月麟によって、偽りの幻想郷に閉じ込められてしまったそれぞれの異なる世界線の少女達。歪んだ因果が絡み合うこの絶望的な世界で、仮初めの主人公となった霊夢と魔理沙は、交わるはずのなかった別世界の仲間と共闘し、忘れ去られた少女の未練を打ち破って元の世界へ帰ることはできるのか――。