神代の時代から朝廷を悩ませた『ケガレ』が平安時代に神祇官によって封印され、日本は平和な時代が長く続いていた。 しかし、突如として現代で再びケガレが顕現した事で日本は異界化してしまった。 その時期と同時に、平将門の子孫――応神将矢の両親が、神祇局に殺害されてしまう。 そして15年後、神祇局が応神将矢を調査員として任命する事が定められ、応神将矢は調査員となり両親を殺害した犯人を捜す事を決意する。 日本異界化、その謎を紐解くのは平将門の子孫である。 ――日本が異界化した原因を解明せよ。