カードゲーム《スピリットクロニクル》を愛する高校生・白峰流輝と、その妹の白峰瑞稀。 ある日、二人の前に謎の少女――白のスピリット ニア と黒のスピリット レイ が現れる。 「私たちの世界を助けてほしい。」 そう告げられた二人が目を覚ました先は、《スピリットクロニクル》が文化として根付いた異世界だった。 日本でトップクラスのファイター養成校 聖帝スピリット学園。 熱血機械使いのライバル・紅城蓮牙。 墓地を支配する頭脳派・神代蒼真。 世界龍樹を操る豪快なドラゴン使い・樹原豪。 そして学園最強と呼ばれる五人、 五大帝王。 強敵たちとの出会いを通じて成長していく流輝たちだったが、その裏では人格を持つスピリットたちを利用しようとする謎の存在が暗躍していた。 なぜニアとレイは琉輝たちを選んだのか。 これは、カードを愛した者達と、心を持つスピリットたちの出会いから始まる物語。