時は大正。文明開花の帝都には、蒸気仕掛けの自律人形（オートマタ）が 溢れていた。煙草や新聞を売り、給仕を行う、よくできた機械の人形たち。 だが、その少年がつくる人形だけは、街の者からこう囁かれていた。 「あれは、ほんとうに生きておる」と。 少年の名は、御影灯真（みかげとうま）。 下町の人形工房を営む人形師にして、安倍晴明より三十三代を数える 陰陽師の末裔。そして、人形に付喪神の魂を宿すことのできる、 帝都でただ一人の男である。 ある夜、工房を訪れた「内務省の使い」と名乗る男。 その来訪を境に、灯真は千年前に封じられた古の妖と闘い、 それを解き放った何者かの影を追うことに――