地方博物館で働く、しがない学芸員・辻シンジ。 ある日、式神を操る少年と共に、古びたランプから魔人ジェスミーを呼び起こしてしまう。 「三つの願いを叶えてやろう！」 そう語るジェスミーと契約を交わしたシンジだったが—— 突如として現れる、魔法のランプを操る謎の組織。 そして、世界中で暗躍し人智を超えた力を振るう「メフィトス」。 二つの勢力が繰り広げる激烈な争いに巻き込まれたシンジは、自らランプの剣を握る。 平凡な日常を取り戻すため、マサルと魔人の「願い」を巡る戦いが今、始まる！