現代の日本には、ひそかに「あやかし」を管理する陰陽省が存在していた。 公務員として陰陽省に配属された綾乃は、陰陽術を学ぶ努力家。しかし、サイキック能力を持つ少年・流星には「本当に仕事できるの？」とからかわれてばかり。 そんな彼女が初めて担当したのは、毎年ひとりの子供が消える「神隠し」の事件だった。 調査を進める綾乃たちの前に現れたのは、人間を襲うどころか、子供を守っていた一体の妖。 そしてその事件をきっかけに、全国各地で古い封印が崩れ始める。 陰陽師の力も、サイキック能力も持たない綾乃。 けれど彼女には、本人さえ知らない特別な力があった――。