1992年に起きた複数の事件事故により、歴史が剥離した。 これはその後の2025年の物語。 小学生の針谷爽太（はりがい そうた）は、ひょんなことから探偵の釘宮孝太郎（くぎみや こうたろう）と出会う。 最初は不思議な事件を共に解決しているだけだったが、両親の仕事や自身の能力について違和感を覚え始める。 そして、ある出来事をきっかけに両親が勤める「エクリプス財団」の創設者たち「最初の四人」に遭遇し、あることを頼まれる…。 「世界のデバッグに協力してほしい」