管理者に支配され、あらかじめ結末が決められた「終わった世界」。過去の時代に管理者との戦いに敗れた者たちが未来へ託した少年・シンは、時空の狭間を超えて現代に現れる。 記憶を失った彼は世界の構造を書き換える力の一端である治癒魔法を発現させ、エルフの少女・セレネと共に大陸の各街を巡る旅に出る。各地での激闘や様々なトラブルを仲間たちと共に解決しながら、彼は自身の出生の秘密と向き合っていく。やがて世界を正常な状態に戻すため、管理者のシステムに抗う壮大な戦いの幕が上がる――。