旧文明の遺構『ダンジョン』から多数の魔物が溢れ出した『大暴走』から20年。 ポーションとプロスセティク技術で財を成した『ディアン社』は、『大暴走』で崩壊した都市を買い取り『ディアン・シティ』を建設、かつての市街は地下に追いやられ、その上に建てられた新市街を中心に急速な復興と発展を遂げていた。 『ディアン・シティ』は『ダンジョン』の調査で得られた技術とそこから得られる資源で成長を続け、いまや世界有数の大都市となっていた。 『ディアン・シティ』の下町でハンター事務所を構え、自らもハンター資格を持つレオナは、『ダンジョン』で得られる遺物から旧文明の研究を行う研究者である。 彼女のハンター資格取得と事務所の設立は、研究のための遺物を自ら回収するためであり、雑多な遺物で埋もれた事務所は、常に開店休業中である。 ある日、彼女の事務所に血まみれの美少女が転がり込んできた。 かつてのハンター仲間の名前を名乗る少女との出会いは、この大都市を揺るがす大事件の始まりだった。