「地味で実用性のない小手先の芸だ。我が工房に貴様のような役立たずは要らん！」 十七歳で特級研究員となった少年錬金術師リオは、上層部が求める派手な大魔導砲を作れないという理由で、王立工房から理不尽に追放されてしまう。 素材の性質が頭に浮かぶだけの【詳細把握】と、形を少し整えるだけの【再配置】。 自分の力はその程度だと諦め、森の廃小屋で静かに暮らそうとしていたリオの前に、ある夜、空の裂け目から一人の少女が落ちてくる。 彼女の名は井原郁美（イクミ）。 魔力もスキルも持たない、科学文明の「地球」からやってきた女子高生だった。 「どんな物質も、目に見えないほど極小の粒が集まってできているの。もっと奥へピントを合わせてみて」 彼女の科学知識を道標に、リオが自身のスキルを極小の世界――原子・分子の領域へと絞り込んだ瞬間、すべてが一変する。 道端の濁ったクズ石は、王立工房の最高級品すら凌駕する七色の超高純度結晶へ。 燃えカスと見捨てられた炭からは、触れるものすべてを両断する漆黒の超硬度素材へ。 無力と切り捨てられた少年と、異世界に放り出された科学の申し子。 欠落を抱えた二人の出会いが、常識に凝り固まった古い権威を足元から覆す！ 追放された少年錬金術師×理系女子高生が織りなす、痛快＆緻密な「魔科学」クラフトファンタジー！