聖ガハラ女学院、いわゆる女子高であり全校生徒は趣味を百合としていた。 根愛花（こんあいか）は図書室で百合本を読んでいると突然雷で意識を失う。目が覚めてみると眼鏡女子である鯖先灯（さばさきともり）が介抱してくれたが彼女は学校内に誰かが入ってきたのを目撃する。そんな姿も目撃出来なかった愛花は気にせず帰ろうとした。すると、校舎内で女子の悲鳴が聞こえたので確認して行ってみるとそこにいたのは百合本の世界にいた悪役令嬢イソス・フランティーであった。そんな悪役令嬢イソス・フランティーと愛花の百合ラブコメ物語。