両親と仲間を奪った事故から三年。 かつて「世紀の神童」と呼ばれた少女、篠宮エリンは、罪悪感に苛まれながら世間から姿を消していた。 しかし、人類滅亡まで残された時間はわずか三年。 太陽系の彼方から迫る、未知の放射性小惑星。 それを阻止できるのは、過去にエリンが残した未完成の亜光速エンジンだけだった。 もう一度、宇宙へ。 人類を救うため、そして自らの過去に決着をつけるため、エリンは「オペレーション・ナポレオン」に参加する。 だが、亜光速航行の途中で事故が発生。 目を覚ました彼女を待っていたのは、死んだ仲間たちと、果てしない宇宙の孤独だった。 そんな彼女が宇宙の果てで出会ったのは―― 旧ソ連の極秘計画によって生み出された、獣耳を持つ少女だった。 誰にも知られなかった少女と、すべてを失った少女。 二人の少女が、広大な宇宙で交わす最後の旅が始まる。