犬・鳥・魚の特徴を併せ持つ謎の生物が南極で発見され、その身体に付着していた未知の微生物が日本へ持ち込まれたことで、世界は変わり始める。
微生物が感染するのは、主に動物で、命を奪うためのものではなかった。
感染した動物のDNAを書き換え、その動物が心の奥で望んでいる姿へと進化させていった。
人間から愛情を受けてきた動物たちは、人間に近い姿と言葉を手に入れ、共に生きようとするが、虐待されてきた動物や、人間を敵として生きてきた野生動物たちは、より強く、恐ろしい姿へと変貌していった。
やがて世界は、人間と共存しようとする動物、人間を憎む動物、そして変化を恐れる人間に分かれ、大きな争いへ向かっていきます。

その中心にいるのが、かつて主人公と暮らしていた一匹の犬だった。姿を消した愛犬との再会が、人間と動物の未来を大きく動かしていく――。
「進化とは、強くなることなのか。それとも、誰かを理解できるようになることなのか。」
『アニマ・エヴォリューション』は、動物たちの進化を通して、愛情、虐待、復讐、家族、そして人間と動物の絆を描くSFファンタジーです。