外宇宙から訪れた侵略勢力キューブとの戦争。圧倒的な敵戦力に苦戦を強いられる中、一人の天才科学者が強化兵士ネクサスを作り上げたことで反撃が始まった。多くの犠牲を払い、戦禍で文明の疲弊を被り、地上環境の激変を迎えながらも、人類は勝利を収める。数十年後、人々は墜落したキューブ母艦から高度な未知技術を抽出し、新素材ミラ結晶の採掘も始め、生活の基盤に利用していた。しかし人類への恩恵と同時に新たな脅威も姿を現す。敵性侵略兵器の後継機群が台頭してきたことで、次なる戦いの幕が上がった。新時代のネクサスは搭乗式人型探索機と共に、人々の未来を背負い駆ける。