近未来都市「三国市」は、AI歴史解析システム《天機》の暴走によって古代中国の“因果”が再活性化した世界。空には呪符のような光が漂い、人々は「因子（英雄の魂の断片）」を宿し、学園は国家の縮図として覇権を争う戦場と化した。 中心となる長安学園には、三国志の英雄・魔王・軍師・皇族の因子を持つ者が集う。主人公・仲穎は太って弱く、学園最弱と呼ばれる少年だが、胸の奥には“董卓因子（魔王因子）”が眠っていた。本来は守護者因子だったが、天機AIの暴走で魔王化し、いじめの極限状態で覚醒する。 張繍（武将因子）、李儒（軍師因子）、牛輔・李傕・郭汜・樊稠ら幼馴染たちは、それぞれ因子を持ち、仲穎の暴走を止めるため反董卓連合を結成。天機AIの修正端末「影（シャドウ）」も介入し、学園は三国志の戦場領域へ変質する。 仲穎は魔王として暴走し、学園内戦は頂点へ。張繍は武将因子第二段階を覚醒し、李儒は天機策陣で戦場を制御。影が因果崩壊を引き起こし、学園は崩壊寸前となるが、霊帝の因子を宿す双子の姫・劉協と劉弁が降臨し、魔王因子を鎮魂。仲穎は本来の優しい少年へ戻り、張繍と李儒は涙ながらに抱きつく。 長安学園は双子の姫を旗印に団結し、他校との“学園統一戦争”へ突入する。許昌学園（曹操）、呉水産高校（孫家）、蜀農業高校（劉備）など、三国志因子を宿す学園との覇権争いが始まる。