《グラノーグ》――熱光学迷彩を施された、円盤状の航空要塞。主人公、海璃昴流（かいり・すばる）は、ひょんなことからその身を守られ、しかし同時に《グラノーグ》へと連行される。彼の窮地を救った峰汐里（みね・しおり）、整備係の雨ヶ崎レイ（あまがさき・れい）、分析官の月野美羽（つきの・みわ）、峰と同様の幼女戦闘員、藤宮子（ふじ・みやこ）。 そして彼らを統括する総司令官、月野悠平（つきの・ゆうへい）。彼は美羽の実父であり、妻を大規模テロ事件で亡くした経験から、防衛省の直轄部隊に組み込まれた。 数々のテロ事件を未遂で終わらせていく皆の中で、昴流は自分の存在意義を見出そうとするも、あまりに個性的なメンバーたちに振り回されていく。 果たして、昴流と《グラノーグ》の面々は、テロ事件の黒幕を暴き、無事帰還することができるのか？