神は、堕落した人の世を見放した。 人々が争い、憎しみ合う世界を終わらせるため、神は使徒ノアに、新たな世に残すべき命たちを乗せる巨大な方舟を造るよう命じる。 そんな世界に、リーヴ王国という国があった。 その王国の魔術士官、トーマ・クロスは魔術士官学校を卒業後、王国軍の一員として戦場へ送られたが、人を殺すこと、殺されることを恐れ、戦場から逃げ出してしまう。 その後、トーマに与えられた任務は、王国の僻地の森にある一本の大樹を守ることだった。 そんなある日、トーマの前にノアが現れる。 ノアの目的は、大樹を方舟に使うことだった。 大樹を守るため抵抗しようとするトーマだったが、ノアの力の前には為す術もなく、あっけなく倒されてしまう。 やがて大洪水が地上を覆い、世界は水の底へと沈んでいく。 ──それから500年 トーマは、長い眠りから目を覚ます。 しかし、500年後の世界では魔術は衰退し、かつて魔術士官だったトーマの知識は、もはや誰にも知られていなかった。 これは、世界の終わりから始まる、一人の落ちこぼれ士官の物語。