ＪＳ事件から三年たったある日 次元拘置所に収容中のジェイル・スカリエッティと管理局に非協力的だったウーノ他ナンバーズが突如消えたとの連絡が八神はやての元に届いた。 事態は急を要すると判断した はやては『機動六課』を再編成。 だが、スカリエッティから襲撃は一度もなく、目的も一切分からずに一年がたってしまった。 そして、現在ミッドチルダをパトロール中の高町なのはとヴィータの前に光の中から金髪金眼の少年と大きな鎧が突如現れた。 　警戒するなのは達 見た事のない術を使う少年と鎧 　　　彼らは敵か？味方か？ 会うことのないはずの者達が会った時、彼らには『奇跡』『悲劇』の二つがやってくる。 　無から有は生まれない 　　　　それは、魔法も同じ。 ―魔法と錬金術が合わさった時 　　何を失い、何を得るのか― 魔法少女　リリカルなのは 　　　　～魔導師と錬金術師～ 　　　　始まります。 ‐‐ 会話「」念話、電話『』デバイス《》心() 通報、誹謗中傷する人は今すぐ、０か９を押す事！！