異形の機械兵によって、ユーラシア大陸の大半を奪われた人類。 敵は人類を憎んでいるのではない。地球の都市や生物を、回収可能な資源として処理しているだけだった。 対抗手段を持たなかった人類は、鹵獲した機械兵の骨格と異界獣の組織を利用し、有人兵器《機動殻》を開発する。 北海道を奪われた少年・榊冬馬は、突出した操縦技術を持つ国連軍学校の候補生。しかし目の前の敵や救助対象へ集中するあまり、仲間へ負担を押しつける危うさを抱えていた。 それぞれ異なる故郷を奪われた四人の仲間、日本の防衛を優先する帝国日本軍学校との出会いを経て、冬馬たちは青森を新たな敵拠点へ変えようとする機械兵との戦いに巻き込まれていく。 これは敵の骨をまとった人類が、奪われた故郷へ帰るために戦う物語。