東京・水道橋の裏路地にひっそりと佇む「魔女の喫茶店」。若くして人生に悩む東大生・長尾信之は、市場調査の途中で偶然この店を見つける。 信之は店の様子から早晩潰れると判断。推理の答え合わせのため店へと入り、若い店主クロエと出会う。 信之は人形のように美しく人間味に乏しいクロエにあっさりとやり込められるが、同時に魔女を自称する謎めいた彼女の言葉に興味を引かれていく。 そして、彼女のもとに変わった相談が持ち込まれるのを目にし、持ち前の好奇心で首を突っ込み始める。 亡き夫が残したカクテルの正体、記憶の中の味の再現、存在しないはずの食材。 クロエはキセルを片手に、依頼者が持ち込む「料理にまつわる謎」―――そして、謎の裏に隠された誰かの想いを解き明かしていく。 料理の歴史、企業の歩み、そしてそれを受け継ぐ人々。謎が解けた時、依頼者は過去と向き合い、何かを受け継いで未来へと進み出す。 信之はそんなクロエの姿に惹かれ、彼女の隣で依頼を手伝いながら、自分の生きる意味を探し始める。