雨の日の水崎市。女子高生・椿原雪穂は、水無月交差点で時空を歪める異形〈ヴォイド〉に襲われる。彼女を救ったのは、未来から来た青年・椿原零だった。雪穂は巨大戦艦ダンデライオンへ保護され、管制AIシルフ、エリカ、Sistersと出会う。やがて雪穂は、自分がヴォイドに狙われる理由、未来で眠る自分自身、そして零が過去へ来た本当の目的に向き合っていく。