謎の武装集団「エクリプス教団」による大規模テロ計画を阻止するため、保全介入群は旧アトラス研究所第3試験棟への大規模作戦を開始する。 各部隊が一斉に展開し、戦況は次第に優勢へ傾いていく。 しかしその最中、味方であるはずの同盟国の戦車が突如として姿を現し、戦場は予想外の事態へと変貌する。 やがて浮かび上がる、謎の人物。 エクリプス教団の壊滅後も、不可解な事件は続いていく。 教団が残した謎のデータ。暗躍する巨大組織。封印された国家機密――「アトラス計画」。 そして一ヶ月後、世界規模の異常事態が発生する。 「これはテロなんかじゃない。」 謎の人物が残したその言葉の意味とは。 幾重にも張り巡らされた謎の先で、保全介入群はやがて、自分たちが追っていた事件そのものに隠された真実へと辿り着く。 ――すべては、あの日から始まっていた。 黄昏の境界。 世界の境界が崩れ始める、その瞬間まで…。