成績も運動もすべて平均値、教室では存在感ゼロの高校生・三津美 蓮。しかし彼は、現代のデジタル社会を裏から揺るがす天才プログラマーだった。 ある日突然、戦国時代の裏舞台――歴史のバグを取り除く空間『バックヤード』へと逆デプロイ（転移）されてしまった蓮は、恐るべき歴史の真実を知る。歴史の陰で糸を引いていたのは、天才軍師・黒田官兵衛の懐刀にして、バックヤードを統べる筆頭・栗山善助。 明智光秀の謀反も、羽柴秀吉の奇跡の大返しも、すべては善助が冷徹に構築した「天下統一の仕様書（システム）」だったのだ。善助の配下としてバックヤードに組み込まれた蓮は、その圧倒的なシステム構築力に魅了され、彼を技術の師として心からリスペクトし、目標に掲げるようになる。 しかし、完璧すぎる仕様書が孕む「残酷な歪み」に気づいたとき、二人の天才のプログラミングは、やがて歴史を揺るがす圧倒的な頭脳戦へと反転していく――。