数学が重視されるようになった近未来の世界。そんな中、御陵十和(みささぎ とわ)は数学が嫌いで、常に落ちこぼれだった。 ある時、旧校舎で時空の歪みが起こり、数式を破る霊、数霊(Number Ghost)が十和の前に現れ、ピンチになる。そこで彼の目の前に数学で学年1位の女子、椥辻零(なぎつじ れい)が現れる。