海の怪物「クラーケン」に父親を奪われた15歳の少年ネッドは、仇を討つため最新鋭の軍艦スコーシア号に乗り込む。 しかし、海戦の末に海へ投げ出されたネッドたちを救った「怪物の正体」は、どこの国にも属さず、海を汚す者たちと密かに戦う謎の巨大潜水艦「ノーチラス号」だった。 ハンス艦長や海洋生物学者のアロナックス教授たちと共に、未知なる深海の美しさと人間の愚かな争いを目の当たりにするネッド。 復讐心に囚われていた少年は、次第に「武力による破壊ではなく、対話で未来の海を守る」という答えを見出していく。 そんな中、彼らを執拗に追っていたスコーシア号が南極の厚い氷に閉じ込められ、絶体絶命のSOSを発信する。 潜水艦の軍事利用を恐れ、秘密を守り抜こうとするハンス艦長は、かつての敵を救う決断を下せるのか――。 争いの連鎖を断ち切り、青い海を未来へ託す、手に汗握るSFジュブナイル冒険譚！