戦国時代に滅亡した忍者、風魔小太郎は存続していた。21世紀に突如現れた第21代目風魔小太郎。世界各国で依頼からPM21時までに任務を遂行する伝説の忍者が、世界中で静かにこの世を成敗する。彼の一族は日本を逃れフィリピン、アユタヤ、東インドを経てアメリカに辿り着いていた。７人の仲間を率いる現代の世界忍者達が今、現れる。天照大御神の化身であるアメリカ人の少女キンバリーを守護する小太郎率いる風魔忍軍が、世界中を舞台に近代忍法を駆使して世の中を守る。