かつて誰からも必要とされず、スラム街の泥の中で「空箱（バグ）」と呼ばれていた少年・アル。彼は奇跡の包丁『黒鉄の包丁』と、万物の構造を見抜く『真理の目』を手に入れたことで、食材だけでなく、神の敷いた「理不尽な世界のルール」すらも解体・再創生する料理人として覚醒する。 この世界は、絶対の主神アルファと配下の神々によって「欠陥品」と見なされ、過去13回にわたり人類ごと滅ぼされ、リセットを繰り返されてきた箱庭だった。 アルは、元スラムの喧嘩屋で最高の相棒・カルム、過去の罪悪感を抱える騎士・エレナ、心を獲得した機械人形・オルタ、そして世界樹の精霊・ポロンとともに旅に出る。彼らが振るうのは、世界を壊すための「殺意」ではない。命を慈しみ、下ごしらえし、温かなご飯を分け合う「体温」と「食卓の記憶」だ。 やがて彼らは天空の『神界エデン』へ突入。時間、空間、記憶を司る神々をその絆と料理的思考で解体・昇華させ、14回目の滅びを告げる主神アルファとの最終決戦へと挑む――。