遥か数千年前――。 地球には、高度な文明を築いた古代文明「アトライト」が存在していた。 ある実験をきっかけで生み出された異形の機械生命体――アダプト。 人類はその脅威に対抗するため、地球を流れる生命エネルギー、 地脈血流〈ファクター〉を動力とする五十体の人型戦闘兵器「コアロイド」を造り上げた。 長きに渡る人類とアダプトの戦争の末、 大陸は海へと沈みアトライト文明は滅亡した。 それから数千年。 舞台は現代――二〇二七年。 どこにでもいる普通の女子高生、丸亀優芽は、 ある日遠足で訪れた天元山で偶然洞窟へ落下してしまう。 そこで彼女が辿り着いたのは、 地中深くに眠る古代アトライトの研究施設。 誰もいないはずの廃墟で出会った、赤い髪の少女――サナ。 そして、サナに導かれた優芽の前に現れたのは、 暗闇の中で数千年もの眠りについていた謎の巨大な黒い巨人――ギガントムだった。