高校一年生の春、灰崎ネスのもとに届いた一通の封筒。 そこに書かれていたのは、京都・院田学園への転校通知――そして、自分が「変人」に認定されたという事実だった。 この世界では、常人とは異なる才能を秘めた者たちが「変人」と呼ばれ、国によって選別・保護されている。 多くは専用の居住区で才能を育てる中、ネスが送られることになったのは、存在そのものが謎に包まれた「クラス変人」。 かつて燃え盛る変人居住区から救い出した、宇宙服姿の同居人・滑莉カッシャ。 各地の居住区を襲う正体不明のテロ集団「フルーツジュース」。 そして、卒業生たちが揃って絶賛するという不可解なクラス変人。 「何をしでかすか分からない、理解不能な変人たちが集まったクラス。果たして秩序など存在しているのだろうか」 普通の高校では何者にもなれなかった灰崎ネスが、普通ではいられない者たちの教室へ足を踏み入れる。 これは、変人が変人たちと出会う物語。 そして――「変人」とは何なのかを知る物語。