山奥の村で「怪我や病気に効く苦いお茶」を作りながら暮らしていた少年・アルト。彼は師匠である祖父から「お前の薬茶はまだまだ半人前だ」と言われ続けて育ったが、実は祖父はかつて世界を救った伝説の「神薬師」であり、アルトが作っていたのは神をも癒やす極上錬金薬（エリクサー）だった。 祖父の死後、見聞を広めるため都会へと向かったアルトは、ダメ元で「帝立聖薬調合院」の入学試験を受ける。日常の感覚で薬を調合したところ、試験会場は大崩壊。神獣の毒をあっさり浄化し、試験官を絶句させたアルトは、史上最高の点数で特待生に選ばれてしまう。 自覚ゼロのアルトは「都会のレベルは高いなぁ」と勘違いしながら、貴族の陰謀や怪奇な奇病を次々と「ただの薬草茶」で解決していくのだった。