現代で祖母と暮らす高校生・瀬戸口凪。 ある日、いつもの帰り道で町の入口を抜けた瞬間、幕末の京都へタイムスリップしてしまう。 そこで出会ったのは、後に新選組となる者たち。 未来と幕末を繋ぐ不思議な「境界」を行き来しながら、凪は新選組の監察を手伝うことになる。 これは、時代を越えた少女と新選組が織りなす、もう一つの物語――。