鳥類学者のしのぶは、二十三世紀では絶滅している雀の研究のため、二十一世紀初頭にタイムスリップするはずが、時空の乱れで江戸時代に漂着してしまった！ 彼女を追って、幼馴染みでタイムマシン技師の士（つかさ）も江戸時代にやってくる。 気を取り直して雀を探すしのぶだったが、しかし、そこにいるはずの雀の姿は見当たらない。 そして、突如現れた悪の秘密結社。 旅の渡世人や江戸時代の人々を巻き込んで、雀のゆくえをめぐる戦いが始まる―！？