舞台は2000年代の新大和"帝都" かつての悪夢と幻痛に苛まれている探偵"ジョン・邦忠"と彼の相棒である"大平"は神徒で事務所を営んでいた。 そんな彼らは仕事の最中、倒れていた少女"零"を助ける。 零という少女は「傀儡女」と呼ばれる女性型生物兵器であり、最初に彼女を助ける為に触れてしまったジョンは彼女の「戦操士」として強制的に登録されてしまった。 この事をきっかけにジョンと大平は陰謀渦巻く戦女達の苛烈な戦いへと巻き込まれながらも自分達の過去や真実に向き合う事になる。