この物語は、異世界転生者アレン・ウォーカーが、前世の古生物学と生態学の知識を武器に、ダンジョンの真実を解き明かす科学攻略譚である。 ギルドでFランクの雑用係として虐げられるアレンは、「石化の呪い」で恐れられるダンジョン《大地脈の巨穴》の正体が、非鳥類型獣脚類コカトリスの巨大な集合巣であることを看破する。彼は「石化」の本質が尾の眼状紋による脳の認知フリーズ現象であり、「毒」が粉綿羽を用いた生物化学的防御機構であることを科学的に証明。偏光ゴーグルや静電マスク、超音波ホイッスルといった装備を次々と開発し、安全な攻略法を確立していく。