魔法と科学が両方ある世界で、とある女性が突然神々の頂点と呼ばれる『神皇（しんおう）』の夫に選ばれる。しかし、彼女には全ての記憶を喪失していた。なにも知らない彼女は宮廷の暮らしに振り回される。彼女はやがて科学と魔法技術の最先端である学園都市『学都連邦（グランポート）』にある学校へ通うことになり、はちゃめちゃで愉快な仲間と学都ライフを歩んでいくのだが、非人道的な実験や戦争が勃発する。それらを阻止するため、世界中のみんなが笑顔になれる世界を目指して彼女たちは立ち上がり、自ら政権を握ることを目指す。しかし、それをよく思わない勢力や陰の組織が彼女たちへ襲いかかる。果たして彼女とその愉快な仲間たちの運命とは。