西暦2050年。最新鋭ステルス戦闘機「蒼莱」のパイロットである如月蓮は、挑発を続ける敵国機を翻弄しながら、追跡を振り切るため巨大積乱雲へと飛び込んだ。 しかし、そこで発生した未知の電磁パルスと空間歪曲に飲み込まれ、機体は激しい衝撃のなか光の中に変えていく。 嵐を抜けた蓮が気づいたとき、周囲の衛星ネットワークとは完全に途絶していた。そして目の前に広がっていたのは、1941年11月、真珠湾攻撃へ向け出撃直前の「南雲機動部隊」が集結する単冠湾の海だった。