第二次世界大戦後、日本は東西に分断された。西日本政府は極左勢力と東日本の工作員に対抗するため、情報保安庁第8課を設立する。そこに所属するのは、遺伝子操作によって生み出された少女たち。 　新米捜査官の青井さくらは指導係でありバディの能賀真琴から厳しくも愛のある指導を受けていた。そんな彼女たちに突然、極秘任務が言い渡される。 　さくらが8課に配属される1年前、東日本に亡命した元8課員の黒森茜、晒島瑞稀の暗殺任務。黒森と晒島は能賀の元親友であり、8課最強のバディであった。黒森と晒島の再入国の知らせを受けて8課は動き出す。能賀は元親友の暗殺という残酷な任務を受け入れられずにいた。 　「友情」と組織としての「任務」。その狭間に揺れる真琴先輩。そんな真琴先輩の姿を見ながら捜索任務を続行する2人。そんな中、潜入捜査中のさくらの親友、萩原かなが黒森らに拉致される。 　一刻を争う救出任務の中、あくまでも組織の秘匿性を守ろうとする幹部たちと、親友を救いたいというさくらの想いが衝突する。「組織」と「友情」の間で葛藤を抱えながらも、さくらは連絡員を追い、ついに黒森たちの潜伏先を突き止める。 　潜伏先は山中の廃工場。武装した極左グループに守られており攻略は容易ではないことが想像できた。突入したら命を落とすかもしれない。しかしこれは「任務」であり自分が存在する価値そのもの。さくらは意を決して突入作戦に参加する。 　「親友を殺す」そう覚悟を決めた真琴先輩とともに突入したさくらは、ついに黒森と対峙する。 　そこで語られた8課の真実。「私たちは消耗品である」さくらの感情は揺れ動くが、真琴先輩は組織人として「任務」を最優先する。その姿を見てさくらも覚悟を決めた。 　結果は圧倒的な黒森、晒島バディの力の前に敗北する2人。 「8課の真実を世界に広める」 　その言葉を最後に黒森は暗闇へと姿を消した。 「組織」と「友情」その狭間で葛藤する少女たちの物語。