国営サイバー学園、四年前に開校したサイバー空間内で学校生活が送れる学園。 この春から、田原アオネ（たばるあおね）は晴れてサイバー学園の生徒となった！ 「サイバー学園は自分のトクイを伸ばせる学園です！」といった学園の得意文句の通り、アオネは得意のゲームの実力をどんどん伸ばしていった。 学園生活も往々にして。アオネはある日、目の前で挙動不審な行動をする男子、箕島アキト（みしまあきと）と出会う。 「この学園は、おかしいんだ」 アキトが言うには、この学園のシステムがおかしいのだと。 そのために協力して欲しいと頼み込まれ、しぶしぶアオネは受け入れる。 アオネの他にも、アキトの協力者はいたようで東風谷ミツル（こちやみつる）と名乗る男とも共に働くようになる。 アキトのトクイは「頭脳」、ミツルのトクイは「情報」だ。 二人と学園のことを調べていくと、学園で支給されている特別識別AI、通称「アンパン」が生徒それぞれを二十四時間監視し続けていることに気づいた。それどころか学園は寮生活であるということも嘘であり、生徒は意識体のみで学園生活を送っていることを知ってしまった。 日本はサイバー学園に騙されていると気づいた三人は、どうにかこの狂った学園を終わらせるため、戦いに挑むことにした。 手始めに自分たちを監視し続ける邪魔な存在、「アンパン」のプログラムを書き換えてしまおうと暁斗が提案する。 そして決戦の日、三人は「アンパン」に勝負を挑む。 アオネのトクイな――ゲームによって！ アオネがFPSでアンパンと勝負する中、アキトはプログラミングの書き換えを、ミツルは「アンパン」の最高管理人である学園長の気をそらすことに尽力する。 接戦の中勝利した三人は、「アンパン」の主導権を手に入れることに成功し、学園ぶっ潰し計画の一歩目を歩みだしたのだった。