小笠原諸島・父島に暮らす中学三年生の海野ハヤトは、巨大なマッコウクジラに漁船を襲われ、母サチを失う。母が最後に残したのは、高校進学祝いに買ってくれた一つの腕時計だった。 事故の直後、ハヤトの前に島浦次郎と名乗る謎の老人が現れる。老人の援助を受けたハヤトは、母を襲ったクジラの正体を突き止めるため、クジラの研究者となった。 九年後、ハヤトは全身に古いモリが刺さった巨大クジラ「ビッグサンダー」を発見する。しかし、調査中にビッグサンダーにのみ込まれ、目を覚ますと、そこは捕鯨が盛んだった一八四九年の海だった。